你还在为细胞计数过程中的碎片和杂质干扰而烦恼吗?

发布日期:2020-12-18 15:03:00浏览次数:177

单细胞测序



单细胞测序技术(scs)是指在单个细胞水平上对其携带的遗传信息进行测序,获得某种细胞类型的基因序列等信息并进行整合分析,目前广泛应用于新物种鉴定、病原筛查、病原进化、发育生物学、神经科学、肿瘤异质性研究以及循环肿瘤细胞等。该技术在2013年荣膺《自然-方法》年度技术。目前主要的方法为10x Genomics。

单细胞测序技术实例



1. 多重退火和成环循环扩增技术
主要研发人:哈佛大学终身教授、美国科学院院士谢晓亮教授
技术看点:降低PCR扩增偏倚,使得单细胞中93%的基因组能够被测序。这种方法使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易,因此能够发现个别细胞之间的遗传差异。
2. 基于芯片实验室技术的单细胞测序
主要研发人:斯坦福大学Stephen Quake
技术看点:基于lap on a chip开发
3. 基于MDA的单细胞测序
主要研发人:深圳华大基因研究院
技术看点:将多重置换扩增(MDA)和测序技术相结合
4. Strand-seq
主要研发人:加拿大英属哥伦比亚大学Peter Lansdorp
技术看点:能捕捉DNA一条链上的信息,使得研究人员对于亲本DNA模板链进行DNA测序,避免单细胞DNA扩增和测序时丢失定向信息


收样与样本制备过程中的注意事项




1. 样本类型:细胞(植物细胞需要制备成原生质体)、组织(一般需要鲜样不可冷冻)、血液
2.最适上机检测浓度:7x105-1.2x106个/ml
3.细胞活率:细胞活率大于70%
4. 细胞大小:小于40μm
5.细胞结团率:小于10%

Rigel在单细胞测序中的应用



单细胞测序技术对于样本浓度、活率、结团率有着较高的要求,特别是对于从组织中消化下来的细胞,由于细胞内含有碎片和杂质,传统的计数方法不能有效的排除掉碎片和杂质在计数过程中带来的干扰。

Countstar Rigel 全自动荧光细胞分析仪是一款基于图像法检测,配合多荧光通道,通过采集图像中的细胞信息,进行定量分析。它将荧光显微成像与统计学群体分析结合于一身,既能提供细胞群的统计数据,又可以获得单个细胞的图像,从而提供细胞形态学信息,独特的图像采集同时产生明场以及荧光图像,使结果更为直观。它结合AO(吖啶橙)和PI(碘化吡啶)两种核酸染料(图1),可以排除杂质和碎片的干扰(图2),从而得到准确的计数结果(图3)。

图1 AO/PI检测原理

图2 Countstar Rigel 检测图片

图3 Countstar Rigel检测结果

Rigel应用在单细胞测序中的文章





      文章地址:https://doi.org/10.1016/j.stemcr.2020.09.008


Countstar Fluorescence Cell Analyzer